Onder biofilm wordt de laag van micro-organismen verstaan die vrijwel elk oppervlak onder water bedekt. Dit is een zogeheten syntrofe laag, dat wil zeggen dat de organismen van elkaars afvalproducten leven, een vorm van ➛symbiose. Gezamenlijk produceren de micro-organismen een slijmerige laag van eiwitten en meervoudige suikers, die ook wel extracellulaire matrix of ECM wordt genoemd. De slijmlaag bestaat voor 90% uit dit ECM. De overige 10% zijn de ➛bacteriën, en vormen samen een compleet ➛ecosysteem in het klein. De laag is goed voelbaar: voorwerpen die langer dan twee weken onder water verblijven voelen glibberig aan.
Biofilm is een belangrijke voedselbron van veel garnalen en vissoorten, zoals ➛karpers en ➛meervallen. In de handel zijn poeders verkrijgbaar die de ontwikkeling van biofilm stimuleren, en hebben een vergelijkbaar effect als ➛aquariumstarter.
Biochemisch proces dat zichtbaar wordt als vuilwitte neerslag op planten, decoratie en bodem, als gevolg van gebrek aan ➛CO₂.
Dit proces treedt op zodra de hoeveelheid in het water opgelost CO₂ (H₂CO₃) volledig is verbruikt. Bijgevolg stijgt de ➛pH tot in het alkalisch bereik. Het eveneens in het water goed oplosbare calciumbicarbonaat vervalt dan naar ➛calciumcarbonaat, waarbij kooldioxide vrijkomt: Ca(HCO₃)₂ → CaCO₃ + CO₂. Het moeilijk oplosbare calciumcarbonaat slaat daarbij zichtbaar neer.
's Nachts treedt het omgekeerde op: planten produceren dan net als dieren CO₂ en de neergeslagen kalk lost weer op. De calciumbicarbonaat fungeert daarom als ➛buffer voor CO₂.Vooral in aquaria met een uitbundige plantengroei kan dit probleem optreden en is men dan ook aangewezen op ➛CO₂-bemesting.Balans van alle van en met elkaar levende organismen en aanwezige voedingsstoffen in een afgebakend gebied.
In aquariumkringen in de regel gebruikt om de stabiliteit van de stofkringlopen in het aquarium samen te vatten, waarbij ook de opgebouwde bacteriecultuur wordt bedoeld. Dat een aquarium niet binnen enkele weken in een kwalijk riekende poel verandert, is grotendeels aan dit evenwicht te danken.
Behalve de planten en dieren die doelbewust aan de aquariuminhoud worden toegevoegd, belanden daarin ook vele ongemerkt. ➛Bacteriën, ➛schimmels, ➛algen en andere micro-organismen komen onbedoeld mee via ➛leidingwater, aquariumwinkel en levend voer.
In het geval van het biologisch evenwicht is dat meestal positief; vele voor het waterleven noodzakelijke processen worden door deze organismen geregeld. Afvalstoffen worden omgezet in voor planten opneembare voeding, planten en dieren wisselen ➛zuurstof en ➛kooldioxide met elkaar uit, planten en prooidieren vormen voedsel voor vele dieren, die zelf weer sterven en afvalstoffen vormen. Al deze relaties vormen deze biologische balans.
Het biologisch evenwicht in het aquarium kent echter een vreemd factor: de aquariumhouder. Die stimuleert en onderdrukt naar eigen wens en wordt daarmee een onderdeel van de balans. Zou deze er mee stoppen, dan zou het aquarium een eigen balans zoeken. Meestal is deze niet naar de wens van de eigenaar, die om die reden vervolgens weer ingrijpt. Van een natuurlijk evenwicht zal daarom in een aquarium zelden sprake zijn.