Type ➛binnenfilter waarbij het filtermedium zich in een compartiment in de bodem bevindt, of waarbij de bodem zelf als filter wordt gebruikt.
In het eerste geval moet de bodem diep genoeg zijn om de filter af te dekken, waarbij duidelijk zal zijn dat sterk wortelende planten er beter niet boven geplant worden. Sommige modellen steken eventueel boven de bodem uit. Formaat en filterende werking zijn uiteraard beperkt. Ook is het reinigen of wisselen van het inwendige filtermateriaal een lastige klus. Dit maakt een dergelijk filter weinig populair, en worden dan ook maar weinig meer toegepast. Bodemfilters worden veelal aangedreven met ➛luchtlift, maar dat kan vaak ook met een ➛buitenfilter.
In het laatste geval wordt de bodem deels of geheel verhoogd met een 'vloer' met daaronder wat aan een 'kruipruimte' doet denken. Vervolgens wordt hieruit water weggezogen, maar ook toevoeren van water (met een zeer geringe ➛stroming) wordt toegepast. Bij zowel aanzuigen als toevoeren krijgen de bodembacteriën meer zuurstof toegediend, al zal het niet veel zijn. Bij toevoeren kunnen planten die 'warme voeten' prefereren goed af zijn, zeker in combinatie met ➛bodemverwarming. Die laatste kan dan in die kruipruimte. In de handel zijn modulaire systemen te verkrijgen.
Vissen die als broedvoorzorg hun eieren in de bodem leggen door daarin te duiken (substraatduikers), of met slagen van de staart de eieren onder het zand te brengen. Met name onder killivissen zijn dit veel voorkomende methoden. In plaats van de gehele bodem met een laag turfmolm te bedekken kan ook worden volstaan met een lage, brede glazen pot met een laag van 4 à 5 cm turfmolm. Neem de pot zo hoog dat er nog meerdere cm rand boven de laag uitsteekt, zodat de turf ook bij activiteit daarin blijft.
Bodemleggers worden vaak verward met ➛substraatbroeders.
Zuurstofarme zone in de aquariumbodem, te herkennen aan de zwarte verkleuring van het bodemoppervlak. Door dichtslibben van de bodem ontstaat een gebrek aan doorstroming. In de ontstane zuurstofarme zone treedt ➛rotting op, wat vaak in de aquariumkap is te ruiken. Ook ontsnappen er gasbellen als de rotte plek wordt omgeroerd. Torenslakken vermijden deze plekken, en als deze slakken helemaal niet meer in de bodem kruipen is waarschijnlijk heel de bodem dichtgeslibd.
In de natuur is bodemrot de norm. De gemiddelde slootbodem, bestaande uit zeer fijn zand, vermengd met de daarop liggende stevige laag organisch afval, vormt een permanente rottingshaard. Gedurende het jaar wordt de organische laag aangevuld, met name in de herfst. Deze natuurlijke situatie staat mijlenver van wat de meeste liefhebbers voor ogen hebben. Het ideaalbeeld van een weelderige plantengroei met een gezond stel vissen vraagt daarom om een aantal maatregelen.
Bodemrot is ten eerste te voorkomen door een minder fijn substraat te kiezen en geen zand, maar ➛grind te gebruiken. Bedenk echter wel, dat zelfs grover grind door een teveel aan fijn vuil dicht kan slibben. Onderhoud is nodig. Met tactisch geplaatste filtermonden kan worden voorkomen dat fijn vuil op de bodem blijft liggen en het onderhoud beperken, maar incidenteel of tijdens de wekelijkse ➛waterwissel een teveel aan bodemvuil wegnemen blijft nodig.
Is dan toch bodemrot aanwezig, dan kan dat in een beginstadium door omspoelen met een ➛hevelklok vaak wel worden opgelost. Is het grootste deel of heel de bodem aan het rotten, dan kan een herinrichting, mogelijk met wat minder fijn grind, het hele probleem in één keer oplossen.
Bodemrot voorkomen is niet moeilijk. Voorkom al te veel bodemafval door goede filtering en gebruik een ➛vuilhevel zodra er te veel vuil op de bodem ligt. Gebruik van een hevelklok bij iedere waterverversing is aan te raden.
In het algemeen geldt: hoe fijner het grind, hoe meer de hygiëne ervan een intensieve ➛onderhoudstaak wordt.